Para quem não gosta da ferramenta de comparação default do VS2010 é possível alterar e usar outra de sua preferência. Eu gosto do WinMerge, para alterar é facil, veja a seguir:
Instale a ferramenta de sua preferência antes de continuar.
Abra o Visual Studio 2010 e clique em Tools – Options:

Depois em Source Control – Visual Studio Tean Fundation Server – Configure User Tools…

Clique em Add…

Adicione os parâmetros de configuração (isso tem que ser feito para cada Extencion). Ex:
Extension: .aspx
Operation: Compare;
Command: C:\Program Files (x86)\WinMerge\WinMergeU.exe (é o caminho onde esta o .exe da ferramenta instalada para fazer a comparação);
Arguments: %1 %2 (%1 – Original file e %2 – Modified file)
Depois é só clicar em Ok.

O WinMerge vai abrir na próxima vez que for comparar algum arquivo pelo VS2010, lembrando que só vai comparar os arquivos com as extenções adicionadas na configuração (.aspx, .ascx, .js, etc)